Протоиерей Борис Даниленко родился на праздник Покрова Пресвятой Богородицы, 14 октября 1958 года в Москве. С 15-летнего возраста стал посещать храм Рождества Иоанна Предтечи, что на Пресне, а затем читать и петь на клиросе, прислуживать в алтаре. Примерно в этом же возрасте почувствовал призвание к священническому служению.
Окончив среднюю школу, по настоянию родителей обучался до конца 1978 года в техническом ВУЗе по специальности «Электронные и вычислительные машины». В 1979 году поступил в качестве алтарника в храм преподобного Пимена Великого (Москва). С октября 1979 по май 1980 года состоял в должности личного секретаря митрополита Минского и Белорусского Филарета (Минское епархиальное управление). В 1980-1982 годах проходил действительную воинскую службу в Тамбове. В этот период регулярно посещал Покровский собор, окормлялся духовно у архиепископа Тамбовского и Мичуринского Михаила (Чуба), известного патролога и историка церкви. Вплоть до кончины владыки Михаила († 1985) имел с ним самое близкое духовное общение, давшее окончательное направление религиозным и научным устремлениям. По демобилизации из армии был принят во 2-й класс Московской духовной семинарии; в 1985 году по окончании семинарии поступил на 1 курс Московской духовной академии, которую закончил в 1989 году первым по разрядному списку со степенью кандидата богословия за курсовое сочинение «Окозрительный Устав святителя Геннадия Новгородского». С ноября 1989 по август 1990 года проходил обучение в Институте восточных церквей в Регенсбурге (Германия). С января 2015 по ноябрь 2017 года состоял докторантом Венского университета (Universität Wien), а 9 ноября 2017 года защитил там работу на ученую степень (academic degree) доктора философии (Dr. phil.) по славистике «Die kirchenslawische Übersetzung der Jakobus-Liturgie von Ivan Gardner: Textologie und Kulturgeschichte».
Во диакона рукоположен 3 апреля 1985 года епископом Дмитровским Александром (Тимофеевым, † 2003), ректором МДАиС, во священника — на праздник Благовещения 7 апреля 1987 года им же. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием возведен в сан протоиерея 7 мая 1995 года.
С 1987 по 2018 год возглавлял в должности директора (до 1991 года – заведующего) Синодальную библиотеку Московского Патриархата. С 14 августа 1991 года по 22 июля 2013 года являлся настоятелем Патриаршего Подворья в бывшем Андреевском монастыре (Москва). В апреле 1999 года решением Св.Синода Русской Православной Церкви назначен ответственным секретарем Патриаршей Синодальной Библейской комиссии, занимал эту должность до преобразования последней в Библейско-богословскую Синодальную комиссию в 2009 году. С 2009 по 2022 год являлся членом Издательского совета Русской Православной Церкви. В 2005-2007 годах состоял в Епархиальном совете клира г.Москвы, с 1 января 2005 года до конца 2010 года – был председателем Комиссии по православным общеобразовательным учреждениям при Епархиальном совете клира г.Москвы. 28 марта 2017 года назначен настоятелем храма Святителя Николая Мирликийского в Старом Ваганькове.
Автор многих публикаций, в том числе отдельных изданий по литургике, славистике, истории русской религиозной мысли в зарубежье ХХ века. Многократно привлекался различными институциями в качестве эксперта учебных пособий и программ по гуманитарным дисциплинам. Поддерживает отношения с широким кругом ученых-славистов и богословов из Европы. Женат, имеет сына.